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사례로 알아보는 의료기관 관련 부가가치세(2)

의료기관과는 무관해 보이지만 대부분의 재화와 서비스의 대가에는 부가가치세가 포함되어 있습니다. 이번 회차에서도 지난 회차에 이어 사례를 통해 의료기관과 관련된 부가가치세를 살펴보도록 하곘습니다.

첫 번째 사례는 부동산임대업과 요양병원으로 사업자등록을 별도로 하여 특수관계인 2명이 사업을 개시한 사안입니다. 부가가치세 매입세액을 환급받은 부분에 대해 실질과세의 원칙상 외견과 실질이 괴리되어 있음을 이유로 매입세액 공제를 인정받지 못했습니다.

이를 자세히 살펴보면 의사인 부부가 부동산을 각각 공유지분 1/2로 토지를 매입하여 건물을 신축하였습니다. 각 1/2지분으로 소유권보존등기를 하였으며 건축허가 때부터 주용도를 요양병원으로 하였습니다. 이후 신축한 건물을 부부 중 1인이 요양병원으로 사업자등록을 하고 해당 병원을 개원하였습니다. 이 때 관계 법령은 위와 같습니다.

원고인 부부는 지분구성원이 다른 별개의 사업이라고 주장했습니다. 반면, 과세당국은 임대사업장이 조세 부담을 회피할 목적으로 비합리적인 거래 외관을 취한 것에 불과하므로, 외관과 실질이 괴리되어 있다고 보았습니다.

즉, 임대용 건물은 원고들의 공동사업인 부동산임대업과 원고 중 1인의 단독사업인 요양병원을 각각 별개의 사업으로 볼 수 없습니다. 원고들이 공동으로 해당 요양병원을 운영하였으며, 이를 위해 건물을 신축한 것으로 보아 매입세액 불공제하는 처분을 했습니다.

통상 건물을 신축하는 경우 건물 중 일부를 타 사업자에게 임대하는 경우라도 개인사업자로 면세 사업부분에 자가사용이 예정되어 있다면, 해당 사업장에 대한 매입세액은 불공제되는 경우가 많으므로 구조에 대해 신중할 필요가 있습니다.

다음은 매입세액공제 안분 사례를 살펴보도록 하겠습니다. 해당 건은 부가가치세 과·면세사업을 겸영하는 의료기관 개설자가 경영지원업을 영위하는 법인으로부터 용역을 제공받았습니다. 전액 과세사업을 위한 용역으로 보아 부가가치세 매입세액을 공제받았으나, 세무당국은 실지귀속이 불분명한 것으로 보아 부가가치세를 경정고지 했습니다.

본 건에 대해 청구인은 과·면세에 공통으로 사용되는 용역을 공급한 것이라고 볼 수 없다고 주장하였습니다. 운영하는 사업장 중 과세사업인 성형 사업에 대한 홍보 및 마케팅 지원목적으로 설립된 회사임을 강조했습니다. 이비인후과 관련 내용이 일부 담겨져 있으나 성형 관련 홍보를 하면서 부수적으로 공급된 용역이라고 말했습니다.

또한 MSO의 업무 보고 및 주간 회의록을 보면 "비중격만곡증 수술·코막힘수술·비염수술 등 면세 용역에 대한 내용과 직원 채용 공고·타병원 CRM 조사 및 보고·친절직원 명찰 제작등 공통 업무 내용도 포함되어 있으며, 과·면세 용역이 각각 구분되고 있지 않아 공통매입세액에 해당한다."라고 판단하고 있습니다.

광고의 경우 성형광고라 계약서에 명시되어 있으나 광고 내용에 코 성형 등 과세사업뿐만 아니라 이비인후과 질환 등을 함께 광고하고 있어 실질 귀속이 불분명한 경우에 해당하여 과·면세 공통매입세액 안분계산 대상에 해당한다고 밝혔습니다.

제작 크라운랩스 주식회사

자문 회계법인 윤 대표이사 공보경 공인회계사 / 세무사 / 병원경영진단사

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